Имеем слегка измененную конфигурацию БП 2.0.53.10.
Объекты только добавлялись (6 объектов - справочник, пара регистров, общий модуль и т.п.). Объекты, созданные фирмой 1С не изменялось и не удалялось.
Т.е. на картинке видно, что ПечатьТТН и ПечатьТТН1208 с кубиком и замочком.
Ничего не могу поделать с обозначенной проблемой.
Скинул обе галки. Теперь ПечатьТТН задвоилась - орет, что такой объект есть. В принципе, в 3.0 он, действительно, есть.