Как я обновлял:
1. Обновил типовую до актуального релиза.
2. Снял с типовой cf.
3. Использовал этот файл для обновления копии своей базы - Конфигуратор -> Конфигурация -> Поддержка -> Обновить конфигурацию -> Выбор файла обновления (собственно выбрал эту cf-ку)
4. Ну и далее объединял модули и прочее. В итоге получил то, что описал выше
эту проблему можно решить? чтобы не происходило этого задваивания?