После переноса ЗиК-ЗуП нескольких организаций в единую БД, требуется часть начислений убрать из основных в дополнительные. Знаю что так просто это сделать нельзя. Какие могут быть решения данного вопроса??

до начислений?

(0) Зачем? Легче создать новые, если речь идет, о том что только перемешались в справочнике(ПланВидовРасчета).