Я правильно понимаю, что в ЗУПе 3.0.11.39 до сих пор не сделан справочник по Способу отражения зарплаты в бухучете .... или я корявый не там смотрю и это уже в другом месте?....

Попробуй вот тут почитать

http://www.1c.ru/news/info.jsp?id=17186

"Отражение в бухгалтерском учете результатов расчета теперь производится не в виде проводок, предназначенных для выгрузки в конкретную бухгалтерскую программу и сформированных с учетом ее плана счетов, а в виде данных в разрезе способов отражения в бухучете. Эти данные затем могут быть использованы для загрузки в любую программу бухгалтерского учета. Преобразование их в проводки производится (должно быть предусмотрено) уже на стороне такой программы. Усовершенствован обмен данными с программой "1С:Бухгалтерия предприятия 8", ред. 3.0, он выполняется в менее заметном для пользователя режиме синхронизации данных."

И вот еще

http://videozup.ru/zup/redakciya-3/provodki-v-zup-3.html

спасибо