Есть ли в модуле обмена или модуле документа возможность установить режим записи загружаемых документов в "РежимЗаписи.Проведение"?
Судя по отладчику объект по умолчанию грузиться в режиме записи.
З.Ы. Регистры бухгалтерии - из обмена исключены.
В периферийную базы летят только справочники и регистры сведений.
Оттуда летят Реализации, СФ и ПКО, РКО.