Необходимо опубликовать БД на веб сервере, встал вопрос какой лучше использовать ?
на сервере используется ОС WIndows 2008 R2

А админ-линуксоид бородатый в свитере в штате есть? Если нет, то iis там админов легче найти. А вообще зависит, под что админ заточен

Нет никаких проблем с IIS.

Прекрасно работает.

Порядка десятка web-сервисов, несколько сотен тысяч запросов ежедневно. С настройкой могу сказать, что нерешаемых проблем нет :)

да в настройка ИИС не работает из коробки как у апатча =(, но из за того что на сервере поднята еще служба терминалов которая неким магическим образом связана с ИИС, а апатч не ставиться пока его не отключишь ИИС, пришлось остановиться на ИИС

С Иис в последней время траблы какие-то, то по непонятным причинам всю память на серваке съест и мертвой прикинется, то без перезапуска новые опубликованные сервисы не кажет.
Думаю у апача свои приколы, надо выбирать то, чем лучше владеешь.

IIS для винды роднее, поэтому в этом случае я за него, а вообще лучше сделать отдельный веб-сервер с апачем на линухе.

IIS - стандартная программа, Apache - программа стороннего разработчика, ее еще скачать и установить надо, и не известно как она обновляться будет.
Если админ грамотный (умеет читать сообщения программ об ошибках и инструкцию), то IIS, если не грамотный, то Апач, т.к. он проще, по крайней мере для меня, я всегда сайты на Апаче делаю.