К примеру, номенклатура | ячейка (ряд-стеллаж-ярус)
            товар         1-1-1
            товар1        2-1-1
            товар2        3-1-1

Так вот, требуется установить запрет на вывод строк с ячейками ряда 2. Может как-то условием можно? Если да то каким?

Да Можно.
Лев(Ячейка, 1) = "2";
Только я думаю вторая колонка собирается, а не одним значением  получается.

(1) Не расскажешь поподробнее, куда пихать это условие?

ВЫБРАТЬ
    ЦеныНоменклатурыСрезПоследних.Номенклатура,
    ЦеныНоменклатурыСрезПоследних.Характеристика,
    ЦеныНоменклатурыСрезПоследних.Цена КАК Цена
ПОМЕСТИТЬ РозничныеЦены
ИЗ
    РегистрСведений.ЦеныНоменклатуры.СрезПоследних КАК ЦеныНоменклатурыСрезПоследних
ГДЕ
    ЦеныНоменклатурыСрезПоследних.ВидЦены.Наименование = "Розничная"
;

////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
ВЫБРАТЬ
    ТоварыВЯчейкахОстатки.Номенклатура,
    ТоварыВЯчейкахОстатки.ВНаличииОстаток,
    ЕСТЬNULL(РозничныеЦены.Цена, "") КАК Цена,
    ТоварыВЯчейкахОстатки.Ячейка,
    РозничныеЦены.Характеристика,
    РозничныеЦены.Номенклатура.ЕдиницаИзмерения,
    ТоварыОрганизацийОстатки.НомерГТД,
    ТоварыОрганизацийОстатки.НомерГТД.СтранаПроисхождения
ИЗ
    РегистрНакопления.ТоварыВЯчейках.Остатки КАК ТоварыВЯчейкахОстатки
        ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ РозничныеЦены КАК РозничныеЦены
        ПО ТоварыВЯчейкахОстатки.Номенклатура = РозничныеЦены.Номенклатура
            И ТоварыВЯчейкахОстатки.Характеристика = РозничныеЦены.Характеристика
        ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ РегистрНакопления.ТоварыОрганизаций.Остатки КАК ТоварыОрганизацийОстатки
        ПО ТоварыВЯчейкахОстатки.Номенклатура = ТоварыОрганизацийОстатки.Номенклатура
            И ТоварыВЯчейкахОстатки.Характеристика = ТоварыОрганизацийОстатки.Характеристика

Я понял логику самой строки, но где ее применить не знаю.

В Запросе есть функция ПОДСТРОКА для этого.

(4) ГДЕ
    
НЕ ПОДСТРОКА РегистрНакопления.ТоварыВЯчейкахОстатки.Ячейка.Наименование, 1) = "2";

Вот так не прокатило(

ГДЕ
            
            НЕ ПОДСТРОКА (РегистрНакопления.ТоварыВЯчейкахОстатки.Ячейка.Наименование, 1) = "2";

Вот так точнее

где ряд<>2

(8) не. где не ряд в (&СписокНенужных)