Ранее использовал подобный код и вроде бы работало. Сейчас не работает. Не пойму почему. В таблицах ясно вижу отличие в 2 строки.

SELECT [_Code]
  FROM [Table1].[dbo].[_Reference865]
where not exists (SELECT [_Fld9288] as [_Code]
  FROM [Table2].[dbo].[_Reference31])

+(0) этот код возвращает пустой результат

подобный запрос работать не может, нужно или так:
SELECT [_Code]
  FROM [Table1].[dbo].[_Reference865]
where [_Code] NOT IN (SELECT [_Fld9288] as [_Code]
  FROM [Table2].[dbo].[_Reference31])    

или так:

SELECT [_Code]
  FROM [Table1].[dbo].[_Reference865] as t1
where not exists (SELECT [_Fld9288] as [_Code]
  FROM [Table2].[dbo].[_Reference31] as t2
where t2.[_Fld9288]=t1.[_Code])

(2) спасибо!