Обновляю бухгалтерию 8.
В плане счетов добавлен предопределенный субсчет.
В обновлении тоже были внесены изменения в предопределенных счетах.
Т.е. при обновлении галочка "Взять и новой конфигурации" установлена.
ДО сохранения конфигурации добавляю в план счетов предопределенный субсчет. Обновляю базу данных. В итоге в пользовательском режиме этот субсчет раздвоился, все проводки повисли на помеченном на удаление субсчете. Как правильно в данном случае обновить план счетов?

После всего этого воспользоваться обработкой "Поиск и замена значений" и заменить помеченный на непомеченный

(1) Ну это если после такого обновления исправить ситуацию. А дальнейшем как обновлять? Неужели все так делают?

"добавляю в план счетов предопределенный субсчет" - вы же добавляете счет с совершенно новым уидом. Конечно задвоятся они.

Делайте лучше не ""Взять из новой конфигурации"", а "Объединить с приоритетом основной конфигурации"

(3) +1