В настройках скд в режиме предприятия указан отбор на некий элемент справочника. После чего выгржую настройки схемы СКД и загружаю их в настройки схемы отчета в конфигураторе. При этом ссылка превращается в идентивикатор. Если потом выгрузить настройки скд и загрузить в предприятие, то там тоже проставится идентификатор вместо ссылки на справочник. Сравнение файлов настроек показало что при выгрузке из конфигуратора теряется пространство имен и тип соответственно, и выгрузка происходит как строка. Отчет соответственно тоже работает неправильно. Недавно был на курсах Белоусова и там все работало. Открыл базы что были на курсах там такая же фигня.

(0) Не знаю, что у тебя там работало и как. Но в предопределенных вариантах в конфигураторе НЕТ возможностей задавать ссылки на непредопределенные элементы БД.
Только программно. Добро пожаловать в реальный мир.

Обычно варианта два, если есть такая необходимость:
- программная установка нужного параметра
- обходиться вообще без параметра, находя и используя нужное значение прямо в запросе

Ну или не использовать предопределенные варианты отчетов. Использовать только пользовательские.
Накатить, например, подсистему управления отчетностью из БСП и все через них рулить.

Я же говорю на курсах был отдельный пример на этот случай, выгружали настройки схемы из консоли, загружали в режим конфигуратора, да отражалось там некорректно, но в режиме предприятия отчет потом чудесным образом работал, и кажется даже ссылка была видна снова.

я понимаю что можно сделать программно, альтернативные варианты не предлагать.

(4) Предположим на минуту, что все так и было (на самом деле ты что-то проглядел). На курсах рекомендовали это юзать в "боевых" условиях?

Да вообще, озвучь что за курсы были. Интересно.
Могло получиться так, кстати, что параметр входил в пользовательские настройки и в них в режиме предприятия запомнилась "правильная" ссылка. Но если сделать сброс пользовательских настроек на предопределенные, то фигня будет. И даже если я ошибаюсь, то юзать эту фичу в боевых условиях - булшит.

Павел Белоусов "СКД" в УЦ 1С. Архив Базы преподавателя с курсов есть. В УЦ отчеты работали и ссылки в режиме предприяития (кажется) были видны, сейчас отчеты не работают.