Из-за чего могут сбрасываться права пользователей, установленные в конфигураторе?..

Ведется коллективная разработка через хранилище конфигурации, но права никто не меняет.

из-за того, что при старте программы права переопределяются

роли могут программно назначаться

(2) Это как?.. можно поподробнее, пожалуйста?.

(4) см (3)