Если осуществить объединение прав с приоритетом основной конфигурации, это может повлечь за собой ошибку 10054 (Ошибка сетевого доступа к серверу), при которой происходит перезапуск сеансов на сервере приложений. При этом ошибки о недостаточности прав не выдается.
Т.е. такое объединение может отработать некорректно.