Форма документа. При её создании подключается обработчик ожидания, считывающий из регистра сведений состояние индикатора на форме.
Из этой же формы документа вызывается форма подбора. После манипуляций в форме подбора, по нажатию кнопки срабатывает метод "Оповестить". В параметрах: код события, адрес временного хранилища для передачи данных из формы выбора и указатель на форму выбора.
В форме документа, обработчик оповещения, в котором: форма выбора закрывается, вызывается серверная процедура обработки полученных данных.
В процессе работы на сервере процедуры обработки полученных данных, пишется в регистр сведений счетчик обработанных записей. Обработчик ожидания на форме этот индикатор обновляет. Так должно быть в идеале.
А на практике следующие глюки:
Форма выбора не закрывается
Ход выполнения в индикаторе не отображается (только его конечное состояние).

Я слишком многого хочу или что-то не так делаю? В такой схеме поддерживается параллельная работа клиента и сервера? Если верить ЖКК то должна. А вот не работает. получается, 1С не умеет делать fork()?

Слишком много хочешь и все делаешь не так.
Фоновое задание запускать надо.

(1) Блин, думал так проще будет, нежели с фоновым заданием :(