Письма от одного отправителя автоматически перемещаются в удаленные. Хотя для него настроено правило, по которому все письма должны приходить в специально созданную для него папку.

Куда копать, чтобы письма все-таки приходили в нужную папку?

Настройки антиспама проверь , наверно этот отправитель по каким то критериям антиспама попадает сразу в корзину.

(1) посмотрел...  в антиспаме ничего связанного с этим отправителем нет...

А учётная запись POP3 или Exchange?

Exchange