Всё зависит от структуры - не факт, что она одинаковая.
Самое простое - загрузить данные из двух файлов во временную таблицу (или массив) и выгрузить обратно.
Также можно "прогуляться" по DOM-модели.
(0) Вытащи XPAth все узлы из второго дерева и итеративно их обходя, юзай методы в основном дереве СоздатьЭлемент и какие там еще нужны, вставляй в дочерние для <shop>.