Добрый день!
Перенес данные на начало года, обнулил сальдо по регистрам "Взаиморасчеты с сотрудниками" и "Зарплата за месяц". Расчетчик просчитал январь.
В результате по нескольким сотрудникам разница между "К выплате" и "Долг за учреждением на конец месяца", как на рисунке:
http://www.picshare.ru/view/3882808/
Получается на сумму НДФЛ удержанного. в параметрах упрощенный учет ндфл.
Может кто направит куда копать, обнулил регистры по ндфл на начало года - не помогло.

Точнее не зуп, а ЗиК Бюджет, но там тоже самое устройство почти

надо посмотреть регистр "взаиморасчеты с сотрудниками" и "НДФЛ к зачету" (если есть отриц. НДФЛ) - именно они вместе формируют сальдо.
то есть смотреть приход и расход и сравнить с расчетным листком.