Создал форму настройки отчета, на неё вынес:
Отчет.КомпоновщикНастроек.Настройки.Отбор
В тонком клиенте после добавления строк отбора, нажатия кнопки "Завершить редактирование" и последующего повторного открытия формы настроек, введенные строки отбора сохраняются.
В веб-клиенте при повторном открытии формы настроек форма открывается пустая.