При создании нового документа (например Поступление товаров) автоматически заполняется организация. Подскажите, в какой процедуре происходит заполнение?

При создании на сервере, видимо

нет, там заполнения реквизита "Организация" не происходит. На момент входа в процедуру "При создании на сервере" реквизит "Организация" уже заполнен. Не могу найти код, где это происходит..

(2) заполняется из данных заполнения - т.е. из отбора установленного в форме списка, из которого создается документ.

не код ищи - галочки нужные.