ЗУП 2.5.77.2
Сотрудникам была начислена и переведена в банк заработная плата. Соответственно в программе заполнены документы НачислениеЗарплаты, ЗарплатаКВыплатеОрганизации, ПлатежноеПоручениеИсходящее и ВыпискаИзБанка.
Через время выяснилось, что у части сотрудников проблемы с лицевыми счетами банка, и банк зарплату этих сотрудников возвращает на счет организации.
Теперь требуется оформить возврат денежных средств на рсчетный счет и заново сформировать документы ЗарполатаКВыплате и проч.
Как сторнировать выплату зарплаты, какими документами?

Достаточно распровести выписку из банка - будет долг перед сотрудником.
Непонятно, зачем заново формировать зарплату к выплате, если можно повторно отправить в банк старую ведомость...
Проблемы же не с формированием документов в системе, а в банке.
Или в программе поменяются лицевые счета?

да, в программе поменяются лицевые счета.
Распровести ведомость, удалить невыплаченных сотрудников, потом провести - тогда данные не будут соответствовать платежке и выписке...
Как втюхать программе - приблизительно понятно. Но надо именно отразить факт возврата денежных средств на расчетный счет, изменение лицевых счетов, формирование новой ведомости и файла в банк.

(2) Распровести ведомость, удалить невыплаченных сотрудников, потом провести - тогда данные не будут соответствовать платежке и выписке...

Зачем вам в ЗУП соответствие - для ЗУПА важен только факт выплаты. И выплата фактическая будет второй платежкой.
Движения денег по р/с ЗУП неинтересны)

(2)
В ЗУПе ведь не ведутся банковские операции. Поэтому зачем Вам "отразить факт возврата денежных средств на расчетный счет?"
1. Удалить из ведомости невыплаченных сотрудников
2. Суммму Платежки изменить
3. В бух программе разделить списание на 2 штуки: одна уплаченная, вторая - потом вернется, пусть на счет 76.09, как хотите
4. В ЗУП вторая ведомость уже днем второго перечисления и платежка
5. В бух программе возврат средств со счета 76.09
6. Списание при оплате второй ведомости.