Нельзя ль как-то восстановить? В том смысле, что сертификат в хранилище на компе остался, его как-то на этот или другой носитель зааписать? Или если с рутокена стерли, то трындец?

на компе только открытый ключ, если специально не переносил контейнер специально

понятно, спасибо(

А точно "удалили" или просто "отключили" (когда делается выход).
Потом, для удаления реально нужен master-pin, который обычно в бумажке к ключу - посмотреть его и зайти под ним (обычно, если пользователь удалил, то там можно увидеть что-то удалённое).
Если же pin был всего один и выполнили удаление, то секретный ключ, который был там, теряется безвозвратно.
А сертификат - это бубличный ключ для этого секретного ключа, который описывает его применение.

аминь