ЗапуститьПриложение(ИмяФайла,,Истина);
Ожидаю, что на этой строке выполнение кода остановится пока не закрою приложение? Но, почему-то, никакого ожидания не происходит?

Глюк платформы или чяднт?

так и есть. Более того вы удивитесь, если запустить ОткрытьФорму(), то тоже не остановится зараза.

(1) Как есть?

ЗапуститьПриложение(<СтрокаКоманды>, <ТекущийКаталог>, <ДождатьсяЗавершения>, <КодВозврата>)
Параметры:

<СтрокаКоманды> (обязательный)

Тип: Строка.
Командная строка для запуска приложения либо имя файла, ассоциированного с некоторым приложением.
<ТекущийКаталог> (необязательный)

Тип: Строка.
Задает текущий каталог запускаемого приложения.
В режиме веб-клиента игнорируется.
<ДождатьсяЗавершения> (необязательный)

Тип: Булево.
Истина - дожидаться завершения запущенного приложения перед продолжением работы.
Значение по умолчанию: Ложь
<КодВозврата> (необязательный)

Тип: Число; Неопределено.
Параметр (если он указан) содержит код завершения работы системы - значение, передаваемое приложением операционной системе, если работа была завершена корректно, если такой код был получен. В противном случае возвращает Неопределено.
Для получения кода возврата значение параметра ДождатьсяЗавершения должно быть установлено в Истина, запускаемое приложение должно существовать и завершить свою работу корректно.

При чем здесь ОткрытьФорму()?

(2) Сейчас фанаты такси начнут втирать, что так и должно быть.. что запуск приложений с ожиданием их результатов устарел и им пользуются лишь старперы, которые не хотят учиться новому..

(3) да бог с ним с такси, а документацию пушкин чтоли исправлять будет?

А кстати - может дело в приложении? Некоторые программы запускаются, порождают дочерний процесс и сразу же завершаются. В этом случае нет смысла в ожидании завершения..

Попробуй этим http://msdn.microsoft.com/en-us/library/d5fk67ky(v=vs.84).aspx
если тоже не работает, то дело в твоем приложении

Вот сейчас только попробовал  ЗапуститьПриложение("calc.exe",,Истина)

Всё ожидает нормально и в 8.2, и в 8.3.4.408, и с такси и без, и НаКлиенте, и НаСервере. Дело однозначно в том, ЧТО ИМЕННО ты запускаешь..