Получается то что делается в 1С через конфигуратор переиндексирует что то свое 1С-ное. Нужно еще в добавок rebuils или reorganize индекса делать в самой СУБД ?
(2)но все равно странно, человек переиндексировал базу, а потом посмотрел выборку из процедуры, которая показала что индексы базы фрагментированны. При ребилде удаляются все индексы далее создаются новые и по идее фрагментации не должно быть.