Насколько я понимаю у организации с НДС отличие этих регистров должно быть в сумме НДС (в управленческом сумма с НДС, в бухгалтерском без НДС). Если посмотреть документ ПоступлениеТоваров именно так и будет. Документы списания партий тоже списывают товар корректно. Однако документ ОприходованиеТоваров пишет одинаковую сумму в оба регистра, что по сути искажает данные. Галка в документе "Учитывать НДС" на суммы списания никак не влияет.
В отладчик полезу, но завтра. Может кто сможет пока объяснить (может даже лучше отладчика) почему так?

(0)  нефиг в ТЧ ставить два раза одинаковую сумму

(1) при заполнении документа с выставленным типом цен поля Сумма, Сумма (регл.) и Сумма НУ заполняются одним и тем же значением

(1) Более того когда меняешь одну из сумм то вся строка пересчитывается

(2)
(3)
а мужики то не знают

Апну своими изысканиями.
1. документ ИнвентаризацияТоваровНаСкладе стоимость заполняется по регистру ПартииТоваровНаСкладах (упр. с НДС)
При вводе на основании инвентаризации оприходования эта стоимость попадает в обе колонки и Стоимость и Стоимость (регл.). При попытке изменить ручками любую из сумм вторая становится равной первой.
В регистры действительно залетают разные колонки - в бухучет СуммаРегл, в управленческий просто Сумма.
Собственно получается т.к. программно сделано так что эти суммы равны мы такими образом завышаем себестоимость в бухучете на сумму НДС.
В общем то ли лыжи не едут то ли...