"SET TRANSACTION ISOLATION LEVEL ..." в МСДН написано, что инструкция действует в текущем сеансе. Не совсем понятно - в тек. сеансе к данной базе данных или вообще в сеансе к серверу? Сохранится ли уровень изоляции при смене базы "USE db"?

пытаешься настроить гибкие блокировки ?

(1) нет
нужно в рамках одной транзакции перекинуть данные из одной базы в другую и "закоммитедь" это в базе источнике данных..
вот думаю, как сделать лучше

ну так инсерт инто таблица селект фром моябаза..моятаблица
или ты принципиально планируешь разными сеансами реализовать транзакцию? :)

Между базами транзакции вообще не очень хорошо работают...

(3) у мну вначале все выгружается во временные #таблицы, потом с ними работаю, потом из них загружаю в другую БД, но при этом нужно держать таблицы в первой базе залоченными, что бы выставить флажки успешной переброски данных.. кактотак

Ну так по сути это будет несколько батчей, выполняемых в одной базе. В чем проблема?