Необходимо загрузить данные из старой программы учета (номенклатуру и остатки) догрузив недостающее из реестра лекарственных средств (РЛС) с ИТС. Я полагаю что  наиболее надежное сопоставление по штрих-коду. Разбирая работу с ИТС-Медицина этой Возможности не нашел.
Возможно ли такое ?
И как такое сделать ?

да. КД

а что, планируется мильон номенклатур в базе держать?

Я делал где-то так...
На ИТС-М есть возможность выгрузить описалово по поисковым запросам.
Я выгружал всё, что возможно и заливал в отдельную базёнку. А в ней ужо искал всё, что нужно.