Я перезаписывал позиции номенклатуры в главной базе и проводил обмен.
Сейчас подумал, что нужно перезаписывать элементы справочника Единицы Измерения, чтобы произошёл обмен. Это поможет?
Как лучше обновить справочник в сломанной базе?

Спасибо

Зарегистрировать изменения для пропавших элементов справочников и инициировать обмен.

Если состав справочника номенклатура везде одинаковым должен быть, то возможно проще будет выгрузить весь справочник номенклатуры и единиц измерения и загрузить при помощи обработки "Универсальная выгрузки и загрузка"