Когда поступает импортный товар в евро, его стоимость нужно пересчитывать в рубли.

Если оплата и поступление в 1 день, то в поступлении можно выбрать валюту евро, заполнить документ, поменять валюту на рубли и программа предложит пересчитать по текущему курсу на рубли.

Но что делать, если например оплата товара было многоэтапной, вчера предоплата на 50%, сегодня оплата на остальные 50%, оплаты были по разным курсам.

Как определить реальную стоимость товара в рублях оплачивая его в евро?

Можно попробовать внешней обработкой ТЧ (чтобы не править конфу). Логика такая:
Сумма ПН в евро - П, курс сегодня - К;
Оплата (здесь надо понять, какие оплаты относятся к этой ПН) - О1 по курсу К1;
Аналогично для всех оплат.
Оплачено в евро = СУММА(Оi)
Оплачено в рублях = СУММА(Оi*Кi)
Сумма документа в рублях = (П-оплачено в евро)*К + оплачено в рублях.
А дальше раскидать эту сумму по позициям номенклатуры пропорционально сумме в евро.