НаборЗаписей = РегистрСведенийМенеджер.ЗакупочныеЦеныТоваров    РегистрСведенийМенеджер.ЗакупочныеЦеныТоваров.СоздатьНаборЗаписей();
Значение свойства - "Записать" равно "Ложь", возможно из-за этого не получаеться записать. http://pixs.ru/showimage/NaborZapis_5803141_12133920.png

НаборЗаписей = РегистрСведенийМенеджер.ЗакупочныеЦеныТоваров.СоздатьНаборЗаписей();

Возможно именно из-за этого, хотя  тема того где и как оно записывается, и в чем выражается "немогу".

При попытки - НаборЗаписать.Записать() возвращает ошибку.

Ошибка при вызове метода контекста (Записать): Запись не верна! Значение поля не соответствует установленному отбору: ЗакупочныеЦеныТоваров: 04.09.2013 13:23:09, Alter Ego+ 1 Class CD (Регистр сведений: Закупочные цены товаров; Поле: Номенклатура)

(4) Так всё ж в ошибке написано
Вы устанавливаете отбор на набор записей по одному значению, а записываете другое)

Подозреваю, что регистр не независимый.
Подчиненные регистраторам регистры можно писать только с отбором по регистратору. Т.е. "навешивать" движения на документ.

Отличное руководство для начинающего разработчика
http://t-prog.narod.ru/page1.html
про наборы записей написано много

(5) вручную у меня получается записать данные. У регистра 1 измерение - "Номенклатура" и стандартный - "Период", в отборе я это и передаю, Номенклатуру и Период.

(8) ну а записываешь с другой номенклатурой или другим периодом

(9) записываю с другой номенклатурой и что с этого?

(10)Гы!
читать (4) до достижения нирваны

(10) да не, ничего. Ошибка просто вываливается, а так всё ок)

(12) блин ну с другими регистрами все ок.

(13) сомнительно)

(14) Почему сомнительно? Сначала очищаем запись регистра, а потом записаваем:
Если ЗаменитьСсылкиВТаблице(ТаблицаНабора, ТаблицаНабора.Колонки, Ссылка, ПравильныйЭлемент) тогда
            НаборЗаписей.Очистить();
            ЗаписатьНаборЗаписей(НаборЗаписей, ЗагрузкаДанных);
            НаборЗаписей.Загрузить(ТаблицаНабора);
        КонецЕсли;
        
        ЗаписатьНаборЗаписей(НаборЗаписей, ЗагрузкаДанных);