В план обмена включены и документ и регистр.
Авторегистрация разрешена.
Куда еще можно посмотреть?

1. посмотреть еще раз регистрацию
2. посмотреть модуль обмена

(1) Пункт 1. не понятно, что именно посмотреть?

В Монитор обмена посмотри - есть там регистрация или нет. Если есть - выгрузи сообщение обмена в файл и там посмотри.

можно в консоли запросов глянуть таблицы регистрации изменений - есть ли записи по регистрам

Посмотрел. В центре изменения регистрируются, а на периферии нет.