В конветации данных, нужно выгрузить номенклатуру, и загрузить в другую базу с новым кодом. В ПКС у реквизита код, поле "источник" очистил, а поле "приемник" оставил со значением код. Думаю, что устанавливать новый код надо в ПКО в событии "После загрузки".  
Подскажите пожалуйста как правильно использовать УстановитьНвыйКод()?

как то так

в ПослеЗагрузки

Если объект.Ссылка.Пустая() Тогда
     Объект.УстановитьНовыйКод();
КонецЕсли;

(1) спасибо!