Дано:
0.(8.3.4.465), 3.0 (3.0.16.32), MS SQL Server;
1. Включили ограничение на уровне записей;
2. В группе доступа настроили ограничения на организацию и подразделение(подразделения);
3. Включили пользователя в эту группу;
4. Запустили сеанс этого пользователя.

Результат: Пользователь видит все подразделения, всех организаций.

у него права какие? Админа?

На партнерском ответили, что по подразделениям используется только для разграничения штатного расписания.

используй "по физлицам"