Обнаружили такое странное поведение:
Берём СКД, выбираем там справочник с функциональной опцией (сама опция отключена), делаем запросик, кидаем поля Ссылка, Наименование и т.д., в настройках СКД всё хорошо, поля видны.
Запускаем предприятие в режиме обычного приложения - нет полей этого справочника в настройках СКД и данные не тянет.
В обычной консоли запросов всё видно.