Имеется переходящий отпуск с июня по август, в прошлом году в таких отпусках НДФЛ разбивался на 3 месяца и соответственно вычеты применялись ко всем трем суммам. Начиная с недавних релизов во всех переходящих отпусках НДФЛ начисляется одной датой без разбивки (много читал статей на эту тему, раньше разбивка по месяцам многим не нравилась и была возможность настроить без разбивки, потом выпустили четкие указания и 1С видимо убрало возможность выбора способа начисления). Получается теперь что в нашем случае в июле у сотрудника НДФЛ будет с минусом. Может кто сталкивался с подобным, что делать в нашем случае?

ничего не делать.
то есть абсолютно ничего.

откуда возьмется НДФЛ с минусом в июле? ты посчитаешь?
а зачем ты собираешься считать по этому сотруднику хоть что-то в июле? если сотрудник полный месяц будет отсутствовать на работе?

абсолютно ничего не делать - это в том числе и не добавлять(убрать) этого сотрудника в июльском документе расчета.

ндфл за год считается, возможно и будет минус изза июльского вычета, это как бы правильно. если не нравится - скорректировать руками.