Что делать, если в отчетах (а значит и в регистрах) пошла какая-то бредятина. Количество из другого товара, сумма из третьего. В итоге по себестоимости полный бардак.

вызвать специалиста

Можно ещё с разбега самоубиться.

А есть ли какой-то в 1С 8.3 пересчет итогов? (как в 7.7)

есть:  в Конфигураторе  - Администрирование - Тестирование и исправление данных