В штатном расписании есть возможность добавить надбавки. Скажите, почему эти надбавки попадают в документ "Начисление зарплаты" минуя документы "Прием на работу в организацию" и "Кадровое перемещение организации"? С какой целью так сделано и возможно ли изменить какими-то настройками функционал, чтобы надбавки можно было назначать документами "Прием на работу в организацию" и "Кадровое перемещение организации" и при этом они попадали в штатное расписание?

А почему Вы решили, что это неправильно?
В ШР нужно вносить надбавки, которые неперсонализированы и выплачиваются всем сотрудникам на данной должности всегда.

Если надбавки нужно назначать индивидуально, то следует пользоваться документами вроде "Ввод постоянного начисления/удержания"

(1) Можно, но тогда они не будут в штатном расписании отображаться.

(2) а зачем Вам отображать в штатном надбавки, которые не положены этой штатной единице?

(3)если не положены, то и не нужно отображать.

(4) если не положено, то и вводить не надо в ШР

(0) В случае когда одному сотруднику полагаются дополнительные начисления(персональные надбавки), и они указаны в кадровых документах, то при проведении кадрового документа надбавки запишутся в штатное расписание и они автоматически распространятся на всех сотрудников, работающих в подразделении на такой же должности.

Поэтому для персональных надбавок есть персональный документ. Начисление ЗП собирает данные как из штатного расписания, так и из плановых начислений. Если виды расчета совпадают то, по моему, размер штатного расписания имеет приоритет, т.е. в документ начислений подтянется размер начисления из штатного расписания

+(6) .... то при проведении кадрового документа(по Вашему алгоритму)....

(6) что за бред?

в порядке бреда (надо проверить)
заметл тут одну особенность - надбавка из штатного отображается в персональных надбавках сотра. а затем переносится в кадровый документ

уж не ваш ли это вариант?  - надбавку в штатном установите с нулевым размером