Было все хорошо с начала года, потом бухгалтер руками начала ставить номера с буквами, не сразу заметили.  
Нумерация сейчас исправлена, все документы по порядку без букв, режим автонумерации объектов исправлен на освобождать автоматически (был нет), все документы с начала года перепроведены.  Однако номера теперь упорно ставятся с буквами.. где же он запомнил их.
Бухгалтерия старая  2.0.60.3

(0) Попробуй это (на копии):

Глобальный контекст.ОбновитьНумерациюОбъектов (Global context.RefreshObjectsNumbering)
Глобальный контекст (Global context)
ОбновитьНумерациюОбъектов (RefreshObjectsNumbering)

Синтаксис:
ОбновитьНумерациюОбъектов(<Метаданные>)

Параметры:
<Метаданные> (необязательный)
Тип: Массив; Объекты метаданных.
Объект метаданного или массив объектов метаданных, для объектов которого будет выполнено обновление. Если значение параметра не указано, то обновление будет выполнено для всех типов объектов.

Описание:
Выполняет обновление номеров в соответствии с номерами, записанными в базе данных. После вызова данного метода все выданные, но не записанные номера, становятся невалидными, т.к. не гарантируется их уникальность. Данный метод разрешено вызывать только администратору системы.

Доступность:
Сервер, толстый клиент, внешнее соединение.

оо.. спасибо, попробую!