Есть ПКО СотрудникиОрганизации, в конвертации свойств ссылка на ФизическиеЛица и 2 соответсвующих ПВД. Как при выгрузке справочника СотрудникиОрганизации запустить ПВД ФизическиеЛица?

указать руками

А зачем два ПВД?

Что хочешь выгружать?

(0) Процедура или функция ВыгрузитьПоПравилу.
Примеры использования луркайте в справочной информации КД или в гугле.