Нужно создать структуру для хранения движения одного документ. Точнее 2 регистра: в одном будут данные Таб.Часть1 а во 2-ом данные Таб.Часть2. и при этом не теряя связь между строками.
У документа 2 табличные части.
Строки 2-ой табличной части принадлежат конкретно одной строки из первой ТЧ и отбираются они через уникальный идентификатор строки из первой таблицы.
Что то типа этого
Таб.Часть1:
Номенклатура1|Контрагент1|Количество - 20шт|УникальныйИдентификатор - 123йцук

Таб.Часть2:
Статья1|Номенклатура2|Количество - 5 шт|УникальныйИдентификатор - 123йцук
Статья2|Номенклатура3|Количество - 15 шт|УникальныйИдентификатор - 123йцук

Предполагается что Номенклатура1 и Контрагент1 не будут встречаться 2 раза в одном документе, поэтому, думаю их взять как Измерения для первого так и для 2-го регистра. Как думаете? А может быть еще в Реквизитах добавить и это УникальныйИдентификатор строки Таб.Часть1?

почему не сделать с одной таб.частью?
И обычный регистр контрагент/статья/номенклатура ?