Приобреталась 1С:Бухгалтерия 8 Проф на одно рабочее место, потом приобреталась дополнительно клиентская лицензия на одно рабочее место. Будет ли нарушением лицензии работа с базой со второго рабочего места через удаленный рабочий стол (RDP)?

Если доп лицензия в виде аппаратного ключа, то в терминальной сессии RDP он не увидется.

для RDP нужен сетевой ключик

программная лицензия будет в терминале работать и нарушением не будет.