Есть документ счет на оплату, на его основании вводится документ заказ, так вот заказ может формироваться только по 1 позиции. То есть если в счете на оплату 2 или 3 или 10 позиций, то нужно спрашивать у пользователя, какую именно строку переносить в заказ, как так сделать?

диалогом каким-нибудь? с указанием номера строки?

Прописать собственную Кнопку "Создать на основании" и в ее процедуре задавать вопрос. По ответу - заполнять документ и открывать

(2) +1.
По идее, еще нужен контроль ранее созданных заказов с привязкой к строкам счета. Заказы, кстати, могут удалить.

управляемое приложение 8.2

(2) Прописать собственную Кнопку "Создать на основании" и в ее процедуре задавать вопрос. По ответу - заполнять документ и открывать

&НаКлиенте
Процедура ТоварыФлажокПриИзменении(Элемент)
    
    ТекущийФлажок = ЭтаФорма.Элементы.Товары.ТекущиеДанные.Флажок;
    
    ТекущаяСтрока = ЭтаФорма.Элементы.Товары.ТекущаяСтрока + 1;
    
    Для каждого ТекСтрока Из объект.товары Цикл
        
        Если НЕ ТекущаяСтрока = ЭтаФорма.Элементы.Товары.ТекущиеДанные.НомерСтроки  Тогда
        
            ТекСтрока.Флажок = ложь;
        
        КонецЕсли;
        
            
        КонецЦикла;
    //
    КонецПроцедуры

Решил так делать, но почему флажки можно стаивть в обеих строках все равно?

&НаКлиенте
Процедура ТоварыФлажокПриИзменении(Элемент)
    
    
    ТекущаяСтрока = ЭтаФорма.Элементы.Товары.ТекущаяСтрока + 1;
    
    Для каждого ТекСтрока Из объект.товары Цикл
        
        Если НЕ ТекСтрока.НомерСтроки = ТекущаяСтрока  Тогда
            
            ТекСтрока.Флажок = ложь;
        КонецЕсли;
        
    КонецЦикла;
КонецПроцедуры

В табличной части сделать колонку с  флажками и переносить те которые помечены флажками

(3) +1
Регистр накопления Изм:Счет\товар Рес:КолВЗаказы
Для поля ввода заполнить список выбора из остатков регистра

СписокЗначений (ValueList)
ОтметитьЭлементы (CheckItems)
Синтаксис:

ОтметитьЭлементы(<Заголовок>)
Параметры:

<Заголовок> (необязательный)

Тип: Строка.
Заголовок окна диалога. Если параметр не указан, то используется стандартный заголовок.
Значение по умолчанию: Пустая строка
Возвращаемое значение:

Тип: Булево.
Истина - в диалоге пометки нажата кнопка "ОК"; Ложь - в противном случае.
Описание:

Устанавливает или снимает (интерактивно) пометки у элементов списка значений.

Доступность:

Тонкий клиент, веб-клиент, толстый клиент.
Пример:

Если СписокТиповЦен.ОтметитьЭлементы("Удаляемые типы цен.") Тогда
    Для каждого Элемент из СписокТиповЦен Цикл
        Если Элемент.Пометка Тогда
            Элемент.Значение.ПолучитьОбъект().
            УстановитьПометкуУдаления(Истина);
        КонецЕсли;
    КонецЦикла;
Иначе
    Сообщить("Отказ от пометки на удаление типов цен.");
КонецЕсли;

П.С. Может сначала стоит изучить встроенную справку по системе.