При формировании отчета на 1с 8.1 (версия последняя) сохраняю отчет в экзеле. Но версия 8.1 поддерживает работу лишь с экзелем 1997-2003 годов.
В отчете свыше 65000 строк. Но при сохранении остаются лишь 65000. Так как экзель 1997-2003 годов не может содержать в себе строчек больше чем 65000.

Как можно решить эту проблему?

Что на 8.2 мешает перейти?

Оле-оле-еле!
Руками - вперёд!...

65 тыщ строк отчёта - это уже мини-БД какая-то

(0)заведите olap куб

(0) Сохраняй в два экЗеля