Управляемая форма. На ней "поле HTML документа". Браузер по умолчанию Хром. При клике на ссылке открывается IE. Как сделать чтобы ссылка открывалась в Хром?

никак, потому что твое "поле HTML документа" это и есть IE

Вариант 1 (фантастический): попросить 1С сделать ПолеHTMLДокумента на нормальном движке;
Вариант 2 (реальный): написать свой обработчик события click