В правилах обмена при выгрузке характеристик номенклатуры не задан поиск по УИД. В результате, после переименования характеристики в КА и выгрузке, в Рознице создались новые характеристики и привязались к ШК.
Итого, товар есть, а продать нельзя т.к. он на старой характеристике, а ШК привязан к новой для которой нет цен и остатков.
Можно ли как то выгрузить заново всё из КА (по исправленным правилам) в Розницу и исправит ли это положение в Рознице?

(0) бэкап до выгрузки если есть розницы, то исправит 100%

Поиск по уникальным идентификаторам невозможен из-за разницы структуры данных. В РТ могут существовать характеристики общие для вида номенклатуры.

Хотите переименовать характеристику - переименуйте в двух базах до обмена.

Обход вашей ошибки(при использовании типовых правил):
Вариант 1: Переименовать в КА характеристики в начальное положение, зарегистрировать штрихкоды к выгрузке и произвести обмен с РТ. Штрихкоды прикрепятся к старым характеристикам, новые можно удалить.

Вариант 2. Удалить новые характеристики в РТ, старые привести в соответствие с КА(переименовать в РТ). Зарегистрировать в КА штрихкоды к выгрузке и произвести обмен.