При сравнении объектов Свои Процедуры выделены Коричневым цветом. Как я понимаю, если на против них не ставить галочку, то они должны сохранится в тексте модуля, если поставить галочку, то удалятся.

Я галочку не ставлю, но они удаляются!!! Что делаю не так?

зачем оставляешь? потом ручками допишешь. мерге плохой тон

(1) В смысле?

Есть измененный Модуль. Добавляется, изменяется Код в Процедурах поставщика, в этом же Модули есть свои Процедуры, которые нужно оставить в Модуле. Если на против своих Процедур поставить галочку, то появляется слово Удалить.

Что делаю не так?

объедини с приоритетом загружаемой, твой код закомментируется, потом придётся раскомментить

(3) не так делаете только одно для своих процедур свои модули

(3)[Что делаю не так?]
всё

Мысль появилась. Наверное выбор по Галочкам сработает если будет выбрана Своя настройка, т.е. оставить, снять Галочку с какой-нибудь одной Процедуры Поставщика.