Формирую ОСВ по счету 62.1 выходит отрицательное начальное дебетовое сальдо, формирую по всему счету 62 отрицательного сальдо нет. Движений по другим субсчетам не было. Итоги рассчитывал, базу индексировал. В чем может быть причина?

>формирую по всему счету 62 отрицательного сальдо нет

а с какого перепуга оно должно быть...

Читай про активные, пассивные и активно-пассивные счета.

(1) если не сложно, можно поподробнее.

(3) см (2)

(4) я прочитал, тока не могу понять причину. можно поподробнее.

Если правильно понял, то если СНД счета 62.1 отрицательное то это авансы

(6) это значит что взаиморасчеты надо поправить, программно или вручную

(6) возможны три варианта 1. бух себе упрощает жизнь отражая так авансы 2. ошибки в ведении учета, вплоть до того, что авансы не были выявлены вовремя и не проплачено с авансов государству (турма и дыня в попу будет) 3. непонятно какие ошибки.
.
надеяться что ошибок при таком учете - нет - это есть верх доверия и доброжелательности ко всем и вся. вплоть до готовности отдать личную сьеркарту и пин ей в первые попавшиеся руки.

Открывай карточку счета и смотри где случается минус... в целом по 62 счету  можно ничего не увидеть. смотри конкретно 62.1. Но конечно надо помнить, что для авансов есть 62.2

может твой минус потом на что то закрывается...