При инвентаризации был обнаружен недостаток. Документом Списание товаров делается проводка Дт94-Кт10.
А как списать потом с 94 н 91? Если делать операцией вручную, то какие регистры надо править?

(0) никаких.

(0) на 90-х нет Рг и править нечего

(2) +1
ни кто не мешает и ТН сделать, на основании Инвентаризации, если 94 не нужен