Сотрудник пошел в отпуск с 20.08.14 по 07.09.14
с 01.09.14 была индексация - повышение ЗП на предприятии
отпускные с 01.09.14 нужно проиндексировать

как это сделать в ЗиК?
документ исправление отпуска не индексирует

Вручную. Частичную индексацию ни ЗиК, ни ЗУП (2.5 по крайней мере) делать не умеют.

(1) можно подробнее?

(2) посчитайте новый средний и в журнале расчетов поставьте правильную сумму вручную в ту строку, которая будет с + за этот период после проведения исправительного документа

Я хочу разбить отпуск на две части.
Исправлением документа отпуск, исправлю дату окончания отпуска на 31.08.14
введу еще один отпуск с 01.09.14 - 07.09.14, в нем исправлю средний заработок, удалю 08.2014 и добавлю 08.2013

чем грозит такой вариант?

Мы считали пропорцию дней отпуска до и после индексации и выводили из этого коэффициент.

20.08-31.08 не индексируется 12 дней
01.09-07.09 индексируется 7 дней
всего отпуск 19 дней

Если индексация была, предположим на 15%, то для этого отпускника коэффициент будет 15*7/19=5.5623%. Итого в исправленный расчет отпуска в качестве коэффициента индексации ставим 1.055623...

(4) Отпуск с 20.08 рассчитывается по среднему за период август 2013-июль 2014. Отпуск с 01.09 рассчитывается по среднему за период сентябрь 2013-август 2014.
Если там голый оклад, то в принципе ничего особо страшного. Если премии по результатам работы за месяц, то может быть всё что угодно.