Выгружаю из Организаций в Организации + Подразделения. ПередВыгрузкой у Организаций :
Если ЗначениеЗаполнено(Источник.ГоловнаяОрганизация) Тогда
ВходящиеДанные = Новый Структура();
ВходящиеДанные.Вставить("Владелец",Источник.ГоловнаяОрганизация);
ВыгрузитьПоПравилу(Источник,,ВходящиеДанные,, "ПодразделенияОрганизаций");
Отказ = Истина;
КонецЕсли;
В Подразделениях не заполняется ГоловнаяОрганизация, галочка Входящие данные стоит.