При переносе из источник.строка в приемник.номер приводит номер к длине приемника, увеличивая нулями.

Как сделать, чтобы строка один в один в номер перелетала без приведения к длине приемника?

убрать соответствующую галку

и как нумеровать доки в приёмнике будешь?
ты импортил 0001, а пользователь создал свой 000001
Если нет префиксов, поставь числовой номер в приёмнике.

(1) Галочка "Автоматически приводить ..." не стоит.
(2) Нумеровать и автоматом и вручную, сейчас только нужно нумерацию перенести, как в источнике.

(3) Правила кто писал?
Может в событии перед выгрузкой свойства стоит код с приведением к длине.

(4) код стоит, только для формирования строки из источника.

(5)Ну и каков этот код?

в одном документе:

Если СокрЛП(Источник.ДоговорКонтрагента.Наименование) = "" Тогда
    Значение = Источник.Номер;
Иначе
    НашаСтрока = СокрЛП(Источник.ДоговорКонтрагента.Наименование);
    ПозицияО = Найти(НашаСтрока,"от");
    Если ПозицияО > 0 Тогда    
        Значение = СокрЛП(Лев(НашаСтрока,ПозицияО-1));
    Иначе
        Значение = НашаСтрока;
    КонецЕсли;
КонецЕсли;

в другом:

Если СокрЛП(Источник.ДоговорКонтрагента.Наименование) = "" Тогда
    Значение = Источник.Номер;
Иначе
    НашаСтрока = СокрЛП(Источник.ДоговорКонтрагента.Наименование);
    ПозицияО = Найти(НашаСтрока,"от");
    Если ПозицияО > 0 Тогда    
        Значение = СокрЛП(Лев(НашаСтрока,ПозицияО-1));
    Иначе
        Значение = НашаСтрока;
    КонецЕсли;
КонецЕсли;

тут нет приведения номера к длине. скорее всего он просто таким получается.

Получилось, ещё раз перегрузил источник.номер закомментировав код, потом назад все вернул. Видимо с первого прохода почему-то приводится к длине в приемнике.