В 1 С ЗУП у сотрудника меняется статус с временно прибывающего на временно проживающий с 01.08.14. Т. е. с августа начиляются взносы в ФСС-2,9%и в ФФОМС -5,10 %, до августа они не начислялись. Т.е. в августе расчет должен быть  от з/п за август ФСС- 2,9%=4 472,65, ФФОМС- 5,10%= 7 865,69    А программа начисляет взносы в августе из дохода 624 000 с начала года, это не верно, т.к. статус изменился в августе. В справочнике сотрудники указали новый статус сотрудника и дату изменения, но программа все равно считает сначала года. Что нужно сделать, чтобы взносы в августе начислялись верно?

А кто Вам сказал, что это неправильно? Если он в течение года приобрел статус временно проживающего, то становятся облагаемыми все доходы за расчетный период, в том числе и те, которые получены до приобретения статуса.